Los Primeros pobladores de Tortuguero se parecían mucho al Maya deMéxico. Vivían de la cacería de animales pequeños y aves silvestres, pescaban en los ríos, y cogían las tortugasque llegaban a desovar. Cultivaban raíces como la yuca, y cosechaban el pejibaye que allí abundaba. Sus habitaciones eran espaciosas, de forma cónica, con techado de paja o palmeras, y frecuentemente albergaban a dos o tres familias.

En Costa Rica, la costa norteña a la orilla del atlántico era parte de la ruta de comercio maya que se extendía desde México por toda la América Central. El emperador maya envió exploradores a Nicaragua y a Costa Rica en busca de oro. La mayor parte del oro paró en México, aunque los indígenas de aquí utilizaron una porción para hacer figurines y adornos.

La primera población española en la región fue San Juan de la Cruz, en la boca del río San Juan unos 40 kilómetros al norte de Tortuguero. Fue fundada en 1541, para facilitar el comercio entre Panamá y Nicaragua. Sus veinticinco habitantes permanecieron allí sólo dos años, mudándose después a otros lugares más poblados.

Hubo una serie de poblaciones españolas de poca duración hasta la mitad del siglo 18. Plantaciones de cacao fueron establecidas cerca de Matina, a 56 kilómetros al sur de Tortuguero. Los indígenas, y la población negra afro-caribeña traídos a Costa Rica por los españoles, trabajaron de esclavos en el cultivo del cacao. Bandas de Zambo-Miskitos, navegando costa bajo de Honduras y Nicaragua, repetidamente robaron la cosecha. En esa época, esta poderosa y armada tribu, compuesta de indios miskitos y esclavos negros naufragados, controlaba casi toda la costa del caribe. El cultivo del cacao fue interrumpido a tal que, en 1848 la última plantación fue abandonada.

Para el siglo 18, marineros y comerciantes sabían de Tortuguero por las miles de tortugas que allí desovaban. El europeo comerciaba para obtener la carne de tortuga, el aceite y la concha, con los mismos indios Zambo-Miskitos—hábiles pescadores de tortugas.

En 1890, se completó la vía férrea de Limón a San José. Antes de eso el transporte de la costa atlántica a la altiplanicie central era dificilísima. En 1871, comenzó la inmigración de cientos de negros de las regiones del Caribe de habla inglesa, principalmente de Jamaica, para trabajar en el ferrocarril. Trajeron su propia cultura basada en su idioma adoptivo, y sus raíces africanas.

En este período se inicio la exportación en gran escala de la tortuga verde. En 1912, un buque de 18 toneladas, el “Vanguardia”, empezó a hacer viajes desde Limón y los colocaban en jaulas pequeñas o corrales en el río hasta tiempo de cargarlos en buques mercantes con destino a los Estados Unidos y Europa.

Algunos de los habitantes de Tortuguero se acuerdan cuando allí se abrió el primer molino de aserrar en los años 40. Transformó la aldea—cuadruplicando la población, mejorando el transporte, estableciendo una escuela, y posibilitando las visitas de uno que otro médico. Durante su funcionamiento, las compañías madereras proporcionaron sueldos seguros a los campesinos que antes habían luchado para mantenerse. Sin embargo, no salió bien ninguna de las empresas madereras en Tortuguero y cuando cada una en su turno quebró, dejaba superpoblada la aldea cara a cara con una situación económica angustiosa. 

La “Atlantic Trading Company” fue la primera de las empresas que construyó un molino de aserrar. Empleó a 250 obreros cortando maderas de cedro macho, fruto dorado, laurel, cedro amarga y kativo. La “Deslo Lumbre Company” le siguió y sufrió muchas complicaciones y cambios de dueños.

Los aserraderos estaban ubicados dónde hoy está el desembarcadero. Cuando funcionaban los molinos, se flotaban los troncos del bosque a ese punto, y allí los aserraban para hacer tablas, que entonces transportaban por mar a Limón para mercarlas en Costa Rica y en el extranjero.

Hoy en día, cerca al centro del pueblo, se observa maquinaria oxida que dejaron las empresas de madera desaparecidas. También se quedan los canales que ellos construyeron y que hoy en día son parte del Parque Nacional del Tortuguero y que visitan miles de personas cada año para ver la abundante naturaleza. 

Con la cesación de trabajo del último aserradero en 1972, la mayoría de los obreros desapareció, y la población quedó con viejas familias acomodadas, y algunos recién llegados moradores. El pueblo volvió al antiguo modo de vida—cultivando, cazando y pescando.

Un cambio que facilitó después el progreso, fue la construcción de canales para conectar las vías fluviales naturales entre Limón, Tortuguero y Barra Colorado. El viaje por mar era arriesgado por el clima inconstante de la región, y por los peligros presentes en el desembocadero del Tortuguero. La ruta interior iba por un sistema de lagunas y vías fluviales y evitaba los peligros del viaje por mar.

En 1972, se instaló un teléfono público y en 1979, el gobierno estableció el transporte en bote dos veces por semana a Tortuguero. El primer generador empezó a trabajar en 1982. 

Hoy el turismo es la industria principal del pueblo. El turismo está aumentando y ya que se ha facilitado la construcción de varios hoteles en los alrededores, el acceso a la región y además el Parque Nacional Tortuguero fue creado en 1972. En el pueblo muchas de las familias alquilan cabinas y ofrecen comidas en restaurantes. Hay más de 100 guías locales para atender a los visitantes en tours del área. 

Por primera vez en su existencia, Tortuguero parece tener un porvenir lleno de promesa. En tiempos pasados, sus habitantes han aguantado los ciclos económicos “subibaja: de la época maderera y han subsistido apenas—de la cacería, la pesca y la agricultura. El Parque Nacional Tortuguero ofrece una alternativa a esa vida tan inestable porque conserva los bienes naturales de esa región que sin duda va a atraer más y más visitantes. Los últimos años ha realizado un gran esfuerzo para organizar y educar el pueblo para este aumento de turistas, y para proteger los recursos naturales del área. El Caribbean Conservation Corporation (CCC) ha sido una fuente importante en desarrollar y educar la gente, tanto como los hoteles en el área. El sistema de educación ha sido muy fortalecido. Por la primera vez en su historia, el pueblo está esperando alumnos graduados del colegio aquí en Tortuguero. Con esta adición, Tortuguero ya tiene servicios educativos para los del CEN hasta el colegio, y también educación para adultos. Dos veces a la semana doctores visiten el lugar para trabajar en una oficina del EBAIS. Tiene electricidad todo el tiempo, y su agua es pura y limpia. Falta mucho todavía, pero con la motivación del pueblo trabajando junto al CCC, El Parque Nacional, los turistas y los hoteles, Tortuguero tiene un futuro muy brillante.